Η Νομική Υπηρεσία της Εκκλησίας της Ελλάδος γνωρίζει πολύ καλά ότι κάθε Προεδρικό Διάταγμα πριν υπογραφεί από τον Πρόεδρο της Δημοκρατίας και τεθεί σε ισχύ, υφίσταται έλεγχο νομιμότητας -και, φυσικά, αντισυνταγματικότητας- από το ΣτΕ, απαντά το υπουργείο Παιδείας με αφορμή τα δημοσιεύματα περί προσφυγής της Εκκλησίας της Ελλάδας στο ΣτΕ εναντίον του Προεδρικού Διατάγματος για το νέο Οργανισμό Λειτουργίας του υπουργείου.
«Το Π.Δ. για τον Οργανισμό του ΥΠΠΕΘ αποτέλεσε αντικείμενο εκτενούς και δημόσιας συζήτησης επί μακρό χρονικό διάστημα κατά το οποίο η Εκκλησία της Ελλάδος ουδέποτε εξέφρασε κάποια επιφύλαξη ούτε ζήτησε κάποια ενημέρωση.
Ο τρόπος εσωτερικής οργάνωσης του υπουργείου Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων είναι αποκλειστικό ζήτημα της Πολιτείας, πάντοτε μέσα στα όρια που θέτει το Σύνταγμα και οι νόμοι. Πάντως, οι αρμοδιότητες του νέου Οργανισμού του ΥΠΠΕΘ που αφορούν θέματα της Εκκλησίας της Ελλάδος είναι ακριβώς οι ίδιες με τις αρμοδιότητες που προέβλεπε ο προηγούμενος Οργανισμός του ΥΠΠΕΘ που είχε θεσμοθετηθεί επί κυβερνήσεως Α.Σαμαρά (ΠΔ 114/2014)» αναφέρει το υπουργείο και υπογραμμίζει : «Προκύπτει, λοιπόν, το εύλογο ερώτημα γιατί καταγράφεται τώρα αντίδραση;»
«Εάν η Εκκλησία της Ελλάδος είχε ζητήσει ενημέρωση εγκαίρως από το ΥΠΠΕΘ, για όποια θέματα επιθυμούσε, είναι βέβαιο ότι μέσω του διαλόγου θα είχαν διευκρινισθεί όλα αυτά τα θέματα χωρίς πράξεις και κινήσεις που μπορεί να διακυβεύσουν τις σχέσεις συνεργασίας μεταξύ Πολιτείας και Εκκλησίας. Το ΥΠΠΕΘ σέβεται πάντοτε την αρχή των διακριτών ρόλων και υπενθυμίζει ότι το γενικότερο σύστημα που διέπει τις σχέσεις Πολιτείας και Εκκλησίας ορίζεται από το Σύνταγμα σύμφωνα με το οποίο «θεμέλιο του Πολιτεύματος είναι η λαϊκή κυριαρχία» καταλήγει το υπουργείο στην απάντησή του.

Στο ΣτΕ κατά του νέου Οργανισμού του υπ. Παιδείας προσέφυγε η Εκκλησία της Ελλάδος

Η Εκκλησία της Ελλάδος προσέφυγε στο Συμβούλιο της Επικρατείας κατά του νέου Οργανισμού του υπουργείου Παιδείας από την αποστολή του οποίου αφαιρέθηκε η «ανάπτυξη της θρησκευτικής συνείδησης», δηλαδή η θρησκευτική αγωγή των νέων, ενώ παράλληλα περιόρισε το δικαίωμα αυτοδιοίκησης της Εκκλησίας της Ελλάδος, όπως υποστηρίζει η τελευταία.
Αναλυτικότερα, η Εκκλησία της Ελλάδος ζητεί να κριθούν αντισυνταγματικές ορισμένες διατάξεις του Προεδρικού Διατάγματος 18/2018 που αφορά το νέο Οργανισμό του υπουργείου Παιδείας, ο οποίος καθορίζει τους σκοπούς, τους στόχους, τις αρμοδιότητες και την οργάνωση γενικότερα του υπουργείου.
Ο νέος Οργανισμός μεταβάλει την αποστολή του υπουργείου Παιδείας σε σχέση με το προγενέστερο καθεστώς, στο θέμα της ανάπτυξης της θρησκευτικής συνείδησης, επισημαίνει η Εκκλησία της Ελλάδος και υποστηρίζει ότι είναι αντίθετη στο άρθρο 16 του Συντάγματος η παράλειψη του νέου Οργανισμού του υπουργείου Παιδείας να εντάξει την ανάπτυξη της θρησκευτικής συνείδησης στους σκοπούς του υπουργείου, κάτι που υπήρχε στον προγενέστερο οργανισμό του έτους 2014 (Π.Δ. 114/2014). Δηλαδή, σύμφωνα με την Εκκλησία της Ελλάδος το υπουργείο Παιδείας αφαιρεί τη θρησκευτική αγωγή των νέων από την αποστολή του υπουργείου.
Επίσης, υποστηρίζει ότι παραβιάζουν το Σύνταγμα και την Ευρωπαϊκή Σύμβαση Δικαιωμάτων του Ανθρώπου (ΕΣΔΑ) οι διατάξεις εκείνες του νέου Οργανισμού του υπουργείου Παιδείας που περιορίζουν το δικαίωμα αυτοδιοίκησης επί των εσωτερικών ζητημάτων της Εκκλησίας της Ελλάδος και των νομικών προσώπων που αυτή εποπτεύει. Δηλαδή, διευκρινίζεται στην αίτηση, οι νέες ρυθμίσεις θεσπίζουν κρατική εποπτεία και αποδίδουν αρμοδιότητες στην υπό σύσταση Γενική Γραμματεία Θρησκευμάτων του υπουργείου Παιδείας για την άσκηση εποπτείας και συνδιοίκησης στην Εκκλησία της Ελλάδος επί θρησκευτικών και εκκλησιαστικών ζητημάτων.